Plongé dans un futur apocalyptique, Resonance of Fate décrit une Terre laissée à l'abandon. Les survivants se sont réfugiés au sein d'une gigantesque tour d'acier qu'ils appellent Bazel, un lieu où la hiérarchie sociale est respectée stricto sensu : l'organisation religieuse dirigée par le Cardinal et la noblesse hantent le sommet de la tour, tandis que les miséreux peuplent les niveaux inférieurs. C'est dans ce contexte inégalitaire que le joueur fera connaissance avec les trois héros de l'aventure, Zaphyr, Vashyron et la frêle "Subject #20", une jeune fille "produite" pour les besoins d'une expérience. Condamnée à vivre 20 ans et pas un jour de plus, l'héroïne a décidé de fuir sa destinée à l'aide de ses compagnons.